Program

Pendidikan

meliputi penyelenggaraan pendidikan di Pondok Pesantren Annuqayah Latee II yang dikelola secara kelembagaan, yaitu: Madrasah Diniyah, Lembaga Kursus, Klub Belajar, dan sebagainya;

Peminatan

meliputi penyelenggaraan kegiatan peminatan di Pondok Pesantren Annuqayah Latee I yang bersifat khusus dan bebas sesuai bakat dan minat santri.

Peribadatan

meliputi kegiatan ubudiyah yang terpusat di musala Pondok Pesantren Annuqayah Latee, yaitu: salat berjamaah,, istigasah, dan sebagainya; 

Kesehatan dan Lingkungan Hidup

meliputi penyelenggaran upaya menjaga kesehatan dan     melestarikan lingkungan hidup, yaitu: penanganan santri sakit, kebersihan lingkungan, dan lain sebagainya;

Publikasi dan Perpustakaan

meliputi media publikasi, dan perpustakaan yang dikelola oleh divisi Publikasi dan Informasi Pondok Pesantren Annuqayah Latee I;

Ketertiban dan Konseling

meliputi penyelenggaraan penertiban santri dan keamanan pondok pesantren serta upaya memberikan layanan konsultasi bagi seluruh santri, lebih-lebih santri yang bermasalah;

Infrastruktur

meliputi prasana yang dimiliki PP Annuqayah Latee I guna menunjang terselenggaranya seluruh program;

Unit Usaha

meliputi unit-unit usaha yang dimiliki Pondok Pesantren Annuqayah Latee I sebagai ikhtiar kemandirian finansial;